Šikšnosparniai yra naktiniai ir labai judrūs gyvūnai, todėl turi nedaug natūralių priešų. Pastebėta, kad kartais šiuos skrajūnus kartais medžioja pelėdos, todėl jie privengia tokios kaimynystės. Kur kas daugiau priešų jiems kelia grėsmę žiemavietėse, kai šie žvėreliai būna įmigę – tuomet į juos kėsinasi kiaunės, katės, o kartais net žiurkės. Tačiau savo tyčiniais ar netyčiniais veiksmais didžiausią pavojų kelia žmonės. Pagrindinės žmonių šikšnosparniams keliamos grėsmės:
1. Suintensyvėjusi pastatų renovacija, senų pastatų nugriovimas. Pastatuose, ypač mediniuose, laikui bėgant atsiranda plyšių, ertmių, kuriuose įsikuria šikšnosparniai. Saugiose slėptuvėse per dešimtmečius susiformuoja skaitlingos šikšnosparnių veisimosi kolonijos, kuriose išaugę žvėreliai po žiemojimo paprastai grįžta į tas buveines, kuriose jie yra išaugę. Nerasdami senų, įsikuria naujose, neretai nesaugiose buveinėse, todėl dalis žūva.
2. Naujų technologijų taikymas urbanistikoje. Paskutiniaisiais dešimtmečiais įrengiami labai užsandarinti pastatai, tad beveik nelieka plyšių, pro kuriuos šikšnosparniai į juos galėtų patekti. Be to, pastatų apdailai plačiai naudojamos slidžios polimerinės dangos apsunkina šikšnosparnių judėjimą, tad tokių potencialių buveinių jie vengia.
3. Intensyvi miškininkystė. Mediena ruošiama medžiams dar nepasiekus jų brandos, tad miškuose mažėja brandžių medynų, kartu ir natūralių vasaros slėptuvių – senų, drevėtų medžių. Dažniausiai miškai atsodinami medžių rūšimis, kurios atsparesnės ligoms, kenkėjams ir tai taip pat mažina potencialių slėptuvių skaičių.
4. Požemių apšiltinimas, užsandarinimas, naudojimas žmogaus reikmėms arba visiškas apleidimas. Lietuvoje tinkamų natūralių žiemaviečių šikšnosparniams – kalnų grotų, nėra, o storų medžių su neperšalamais uoksais yra labai nedaug. Todėl šikšnosparniai žiemojimui apsistoja žmogaus statiniuose. Dažniausiai tai būna nenaudojami požemiai, kuriuose šaltuoju metų laiku (rugsėjo-balandžio mėnesiais) būna pastovi ir žema temperatūra bei didelis drėgnumas. Nors požemių šalyje nėra mažai, bet tinkamų šikšnosparniams žiemoti, nedaug. Paskutiniajame dešimtmetyje Lietuvoje yra suintensyvėjęs požemių privatizavimas. Pavyzdžiui, seni kariniai įtvirtinimai Vilniaus Rasų gatvėje jau įkomponuojami į gyvenamąsias patalpas, užsandarinami, apšiltinami ir šikšnosparnių žiemojimui bus nebetinkami. O šiuose požemiuose žiemojančių Lietuvoje griežtai saugomų kūdrinių pelėausių iki 2010 m būdavo aptinkama kasmet. Tačiau visiškas nesirūpinimas tokiais statiniais taip pat turi neigiamą poveikį – neprižiūrimus požemius palaipsniui ardo vanduo, ledas bei medžių šaknys. Pvz., erozija pastebimai ardo Vilniaus Aukštųjų Panerių geležinkelio tunelį ir Kauno Rokų fortą.
5. Įmigusių šikšnosparnių trikdymas žiemos buveinėse. Lankymasis žiemavietėse (šviesa, garsai) trikdo šikšnosparnių įmygį. Dažnas šikšnosparnių žiemą atsibudimas išsekina jų organizmą ir kai kurie jų nesulaukia pavasario.
