Lietuvoje gyvenantys šikšnosparniai minta tik vabzdžiais. Kad palaikytų greitą medžiagų apykaitą ir aukštą kūno temperatūrą, turintys mažą svorį, bet didelį kūno paviršių, šie skraidantys žinduoliai privalo daug maitintis. Pavyzdžiui, rudasis nakviša per naktį suėda 10-15 gramų vabzdžių, o vandeninis pelėausis tik 5-6 gramus. Tačiau tie 5-6 gramai – tai 4 000-5 000 vabzdžių.
Mūsų krašto šikšnosparnių racionas yra gana įvairus, bet vabzdžių įvairovė skirtingose šikšnosparnių grupėse gali kiek skirtis ir priklausyti nuo pačių vabzdžių gausumo, vietos, kurioje šikšnosparniai maitinasi, metų laikų ar net nuo paros laiko ir orų. Šikšnosparnių racionas kinta keičiantis metų laikams. Vieni vabzdžiai dominuoja pavasarį, kiti vasarą. Grambuolius ir ilgakojus uodus mėgsta visi šikšnosparniai. Europinis plačiaausis medžioja tik naktinius drugelius. Vandeninio pelėausio ir Natuzijaus šikšniuko raciono pagrindą sudaro dvisparniai vabzdžiai. Žiogus, auslindas, cikadas, vorus, drugelių lervas ėda rudasis ausylis.
Maitintis šikšnosparniai skrenda nepraėjus valandai nuo saulėlydžio. Skirtingų rūšių šikšnosparniai pasirenka skirtingai nuo dienos slėptuvių nutolusias maitinimosi vietas – vienos rūšys skrenda arti, kitos gali skristi net už 10-25 km esančias maitinimosi vietas. Nakties metu šikšnosparniai gali naudoti vieną arba kelias maitinimosi vietas. Vienos rūšys maitinasi visą naktį, kitos – darydamos pertraukas, kurių metu naudoja naktines slėptuves.
Gyvūnai maitinasi pavieniui arba kartu su tos pačios rūšies žvėreliais. Šikšnosparnių rūšys, turinčios trumpus ir plačius sparnus, pvz., rudasis ausylis, tarp kliūčių skraido lėčiau, bet vikriau. Rūšys, turinčios plačius sparnus, pvz., nakvišos, yra prisitaikę skraidyti greitai ir dažnai toliau nuo kliūčių arba dideliame aukštyje. Pagal medžiojimo pobūdį šikšnosparniai skirstomi į kelias grupes:
1.Šikšnosparnius, medžiojančius atviroje vietoje, aukštai virš žemės ir toliau nuo įvairiausių kliūčių. Tik ore savo aukas gaudo rudasis ir mažasis nakvišos.
2.Šikšnosparnius, medžiojančius arti žemės, prie kliūčių (tarp medžių, pamiškėje) ir gaudančias savo aukas ore. Tokie yra šikšniukas nykštukas ir šikšniukas mažylis, vėlyvasis šikšnys ir ūsuotasis ir Brandto pelėausiai.
3.Šikšnosparnius, medžiojančius labai arti žemės, tarp augalijos, ar vabzdžius surenkančius tiesiog nuo įvairiausių paviršių. Taip maistą gaudo Naterero pelėausis, rudasis ausylis ir kt.
4.Šikšnosparnius, medžiojančius virš vandens telkinių. Vabzdžius virš vandens ore gaudo arba griebia juos nuo vandens paviršiaus vandeninis ir kūdrinis pelėausiai.
