Dėl tarpusavio panašumo bei spalvinių variacijų kai kurių rūšių šikšnosparniai, ypač smulkesnių rūšių pelėausiai, šikšniukai, vizualiai mažai skiriasi. Todėl kartais tik morfologinių matavimų dėka galima tiksliai nustatyti rūšį. Be to, kad šikšnosparniai yra sveriami (Q), dar jiems yra matuojama:
1 – kūno ilgis (L) – nuo snukio galo iki analinės angos;
2 – uodegos ilgis (C) – nuo analinės angos iki uodegos galo;
3 – pėdos ilgis (P) – nuo kulno sąnario kampo iki ilgiausio piršto galo (be nago);
4 – ausies ilgis (A) – nuo ausies kaušelio užpakalinio krašto prisitvirtinimo prie žando vietos iki viršūnės (be plaukų);
5 – ausies kramslio aukštis (Tr) – nuo kramslio spenio iki skiauterės viršūnės;
6 – dilbio ilgis (An) – atstumas tarp labiausiai atsikišusių alkūnės ir riešo dalių (matuojama iš nugaros pusės, suglaudus sparną);
7 – blauzdos ilgis (Cr) – atstumas tarp labiausiai atsikišusių kelio ir čiurnos dalių (matuojama sulenkus koją per kelio sąnarį ir kulną);
8 – sparno tarpugalio plotis (LtA) – atstumas tarp išskleistų sparnų galų (matuojama paguldžius žvėrelį ant nugaros ir išskleidus sparnus taip, kad skraidomoji plėvelė būtų ištempta tolygiai horizontaliai.
Papildomai, siekiant nustatyti rūšies individą vietoj šikšnosparnio žiedavimo galima taikyti sparnų kartografavimą.
Sparnų tarpugalių matavimas
Ausies ir ausies kramslio matavimas
Dilbio matavimas
Blauzdos matavimas
