Dauguma šikšnosparnių poruojasi rudenį, migracijos metu, arba žiemą, jau susirinkę į žiemavietes. Po kopuliacijos gyvybinga sperma gimdoje išbūna iki pavasario ir kiaušialąstė apvaisinama tik pavasarį. Mūsų klimato juostoje jauniklius šikšnosparniai veda 1 kartą per metus. Jaunikliai vedami kolonijose, susidedančiose tik iš patelių. Gimdydamos patelės pasišalina toliau nuo kolonijos, užima horizontalią arba vertikalią (galva į viršų) padėtį ir uodegos skraidomąja plėve gaudo naujagimį.
Neseniai gimęs rudojo ausylio jauniklis
Daugumos šikšnosparnių rūšių patelės atsiveda po vieną jauniklį, o šikšniukų, nakvišų ir dvispalvių plikšnių patelės dažniausiai gimdo dvynius. Jaunikliai gimsta pliki. Gimusį jauniklį motina tuojau pat išvalo, o šis iš karto įsikimba į motinos kailiuką ir pradeda žįsti pieną. Pirmąsias dienas jauniklis stipriai laikosi įsikibęs į mamą, todėl ji, reikalui esant, skraido kartu su jaunikliu.
Keletą dienų po gimdymo patelė neskrenda medžioti – jauniklį maitina ir pati gyvena iš kūne sukauptų atsargų. Jaunikliai maitinami tik pienu. Šikšnosparnis – tai vienintelis žinduolis, kuris jauniklį pienu maitina tol, kol šis tampa tokio pat dydžio kaip ir suaugęs šikšnosparnis. Kai patelė nori nustoti žindyti ir jau skristi medžioti, specialiais judesiais, judindama visą kūną, duoda jaunikliui tai suprasti. Grįžusi iš medžioklės mama savo jauniklį lengvai atpažįsta iš skleidžiamo specifinio garso, kuris kiekvieno jauniklio yra skirtingas. Jauniklis grįžusią mamą skuba pasveikinti laižydamas jos snukutį.
Vėlyvasis šikšnys su jaunikliu
Pirmą kartą jaunikliai toli neskrenda – tik apžiūri aplink esančias slėptuves ir greitai grįžta atgal. Būna taip, kad nepatyręs žinduolis pasiklysta ir atgal į slėptuvę grįžta tik kartu su iš medžioklės parskridusia mama. Jeigu išskridimas iš slėptuves yra sudėtingas, dažnai jaunikliui sunku patekti į ją, o negalėdamas patekti atgal jis gali žūti. Todėl, jeigu šikšnosparnių kolonija gyvena jūsų namo palėpėje ir norite ją išprašyti, neskubėkite užkišti išskridimo angos. Kai kurių rūšių jaunikliai per pirmąjį skrydį dažnai stebimi ir lydimi mamos, kitų rūšių jaunikliai skraidyti ir medžioti pradeda savarankiškai. Pirmosios jauniklių medžioklės dienos dažniausiai nebūna sėkmingos, tik po kelių medžioklės naktų jie įgunda pagauti vabzdžių. Todėl labai svarbu, kad mokantis medžioti būtų daug maisto.
