Vidutinių platumų klimatinės juostos šikšnosparnių aktyvumas priklauso nuo daugelio mikroklimatinių sąlygų: lietaus, vėjo, temperatūros, ir vabzdžių – pagrindinio jų maisto – aktyvumo. Žiemos metu dėl maisto trūkumo šikšnosparniai praleidžia įmygyje, kuris vadinamas hibernacija. Hibernacijai jie turi ieškoti tinkamų slėptuvių, kurios dažnai būna toli nuo veisimosi kolonijų. Vieni prisitaikė hibernuoti požeminėse slėptuvėse ir ištveria atšiauresnes oro sąlygas, kiti renkasi mažiau apsaugotas slėptuves, todėl slėptuvės turėtų būti šilto klimato zonoje. Migruodami į žiemos slėptuves jie nuskrenda trumpas arba labai ilgas distancijas.
Pagal migravimo elgesį šikšnosparniai skirstomi į tris grupes. Pirmą grupę sudaro sėslios šikšnosparnių rūšys, kurios žiemoja ir sudaro jauniklių veisimo kolonijas viename regione, tad į žiemavietę skrenda iki 50 km atstumu. Šiai grupei priklauso rudasis ausylis, Natererio pelėausis.
Antrą grupę sudaro šikšnosparniai, reguliariai atliekantys trumpo arba vidutinio nuotolio sezoninius perskridimus, migracijos atstumas dažniausiai neviršija 500 km. Šiai grupei priklauso vandeninis ir kūdrinis pelėausiai bei europinis plačiaausis. Trečiai grupei priklauso šikšnosparniai, atliekantys reguliarius ilgo nuotolio sezoninius perskridimus. Šios rūšys iš vasaros į žiemos slėptuves skrenda daugiau kaip 1000 km. Šiai šikšnosparnių grupei priklauso mažasis ir rudasis nakvišos, Natuzijaus šikšniukas, šikšniukas nykštukas ir dvispalvis plikšnys.
Didžiausioje Europos dalyje šikšnosparniai migruoja iš vasaros į žiemos slėptuves pietų-vakarų kryptimi, o pavasarį grįžta atgal. Dažniausiai šikšnosparniai migruoja palei jūrų pakrantes, upių slėnius ir vagas. Migruodami šikšnosparniai kaip orientavimosi aplinkoje priemonę naudoja regėjimą ir echolokaciją. Skrisdami netoli žemės jie echolokuoja, o skrendant aukštai orientyrais tampa kanalai, upės, medžių juostos, net gyvatvorės.
