Lietuvoje gyvena 14 šikšnosparnių rūšių, kurios priskiriamos lygianosinių (Vespertilionidae) šeimai. Penkioliktoji šikšnosparnių rūšis – ūsuotasis pelėausis (Myotis mystacinus) – šalyje užregistruotas tiktai vieną kartą. Šio žvėrelio likučiai aptikti Biržų rajone, Karvės olos karstinėje įgriuvoje. Dar dvi rūšys yra ieškotinos – tai didysis pelėausis (Myotis myotis) ir pilkasis ausylis (Plecotus austriacus). Šių rūšių šikšnosparniai buvo aptikti kaimyninėse šalyse, netoli Lietuvos sienos. Todėl yra didelė tikimybė, kad jie gali gyventi ir mūsų šalyje.
Lietuvoje gyvenančių šikšnosparnių nosies paviršius lygus, be odos raukšlių ir išaugų (todėl ir lygianosių šeima). Kai kurių Lietuvoje gyvenančių šikšnosparnių ausų dydis skiriasi keletą kartų. Vabzdžius gali gaudyti ir sparnais, ir uodega kaip sieteliu. Kai kurių rūšių šikšnosparniai yra lengvai atpažįstami, tačiau kai kurios kitos, ypač smulkesnės rūšys, dėl spalvinių bei morfologinių variacijų sunkiai apibudinamos. Dienoja medžių drevėse, plyšiuose, po žieve, senuose paukščių lizduose, pastatuose, inkiluose. Skraidyti pradeda vakarais, dažniausiai saulei nusileidus, o kartais ir keletą minučių prieš saulėlydį. Šaltuoju metų laiku šalyje žiemoti lieka 10 rūšių šikšnosparniai, kurie žiemą praleidžia dažniausiai požeminiuose statiniuose. Kitų rūšių šikšnosparniai žiemoti skrenda į Pietų Europą.
Lietuvoje sutinkami šikšnosparniai:
- Europinis plačiaausis (Barbastella barbastellus)
- Kūdrinis pelėausis (Myotis dasycneme)
- Brandto pelėausis (Myotis brandtii)
- Vandeninis pelėausis (Myotis daubentonii)
- Natererio pelėausis (Myotis nattereri)
- Rudasis ausylis (Plecotus auritus)
- Rudasis nakviša (Nyctalus noctula)
- Mažasis nakviša (Nyctalus leisleri)
- Šikšniukas nykštukas (Pipistrellus pipistrellus)
- Natuzijaus šikšniukas (Pipistrellus nathusii)
- Šikšniukas mažylis (Pipistrellus pygmaeus)
- Dvispalvis plikšnys (Vespertilio murinus)
- Šiaurinis šikšnys (Eptesicus nilssonii)
- Vėlyvasis šikšnys (Eptesicus serotinus)
Lietuvoje ieškotinos rūšys:
- Didysis pelėausis (Myotis myotis)
- Ūsuotasis pelėausis (Myotis mystacinus)
- Pilkasis ausylis (Plecotus austriacus)
